#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=spades-4.0.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00

module load spades/4.0.0

# run standard tests (replace '--test' with your input files)

spades.py --test --sc
spades.py --test --careful
spades.py --test --iontorrent
rnaspades.py --test
plasmidspades.py --test
metaspades.py --test
rnaspades.py --test --ss-rf
rnaspades.py --test --iontorrent
coronaspades.py  --test
metaplasmidspades.py  --test
metaviralspades.py  --test
plasmidspades.py  --test
rnaviralspades.py  --test